La vegetación natural está constituida por bosques de manglares costeros, desde el extremo occidental, hasta la desembocadura del arroyo Vigil, más al oriente la vegetación natural está afectada por los cultivos agrícolas; quedan manifestaciones de bosques semideciduos mesófilos. El resto de la vegetación es cultural, con cultivos agrícolas y focos de pastos.


La flora silvestre ha sido muy afectada por las actividades del hombre; pero puede encontrarse en los sectores costeros, asociada a la vegetación de manglar, y los bosques semideciduos mesófilos típicos. Un ejemplo de ello es la Copernicia rígida, que es localizable al sur de las bahías de Nuevitas y Malagueta.